投标保函办理手续费（银行保函）得根据办理方式来定，如果企业自己去银行办理，交全额保证金，然后按照季度交手续费，大概在几百块不等，还有一种方式是通过占用第三方担保公司在银行的额度出的保函（分离式保函），这种保函跟企业自己去出保函效果一样，出的保函上不体现担保公司，只体现受益人、申请企业、项目名称、保函金额和期限等信息，这种费用也是几百块，但是不用交保证金。
商业保函指的是，除了银行以外，由其他商业机构出具的保函，一般出具保函的公司都是专业的担保机构或商业机构的信用担保。
商业保函也是包括了很多种的，比如预付款保、农民工工资支付保函、质量保函、投标保函、履约保函等，这些都是属于商业保函。
商业保函的费用相对于银行办函要便宜很多，有的可能低于50%以上。这对于建筑企业来说，相对还是比较节约成本的。
商业保函与银行保函有什么区别？
1、信用不同：银行保函是由银行直接出具的，属于银行信用，而商业保函是由专业的担保机构或商业机构出具的，属于商业信用。
2、用途不同：银行保函多用于国际贸易，国内会比较少，属于国际担保业务，而商业保函多用于国内国家。
3、商业保函相对于银行保函要简单上许多，其不需要准备太多的资料，而且办理速度快，费用也比较低。
4、商业保函的格式条款相对于会灵活一些，而银行保函的格式就会比较严谨，不能随意更改。
农民工工资保证金保函的意义：其主要目的是确保农民工工资得到按时足额支付。一旦出现拖欠工资的情况，该保函将作为支付保障，有效维护农民工的合法权益。
保函的替代作用：根据《保障农民工工资支付条例》的相关规定，工资保证金可以用金融机构保函替代。这意味着，施工总承包单位可以选择通过获取银行保函的方式，来替代实际向银行专户存储的工资保证金，从而优化资金使用，降低资金占用成本。
保函的专项用途：农民工工资保证金保函专项用于支付为所承包工程提供劳动的农民工被拖欠的工资。它确保了即使出现工程款项拖欠等问题，农民工的工资也能得到及时支付。