北京儿童医院共有在职职工3210人，其中医生968人，护士1325人，医技462人。正高级职称292人，副高级职称380人，中级职称692人。医院拥有中国现代儿科学奠基人诸福棠、中国儿童血液肿瘤学开创者胡亚美、中国小儿外科创始人之一张金哲等国内儿科界仅有的三位院士，以及突出贡献专家、享受政府特殊津贴人员、新世纪百千万人才工程人选、国家杰出青年科学基金获得者等众多高层次人才。
北京儿童医院医院内分泌科开设肥胖与减重门诊，筛查导致肥胖的内分泌疾病(如垂体、肾上腺、甲状腺疾病、下丘脑综合征等)，评估营养状况，进行营养代谢状态分析，并对患者进行个体化减重指导，帮助患者达到并维持目标体重。
巩纯秀主要研究方向为儿童糖尿病领域，涵盖儿童糖尿病流行病学研究、生存、代谢控制状况及胰岛素抵抗相关疾病范化研究。先天性高胰岛素性/新生儿糖尿病临床与遗传学研究。性腺研究主要包括婴幼儿乳房发育临床监测、DSD病因学及Kallmann综合征的基因学研究、小阴茎的、AAA综合征的遗传学研究、DSD患者体格发育研究、Silver Russule 综合征遗传学研究等。同时承担研究生教学以及留学生英文教学。
巩纯秀，中华医学会儿科内分泌遗传代谢学组副组长，中华医学会糖尿病学会委员，中华医学会糖尿病学会1型糖尿病学组副组长，北京医学会儿科分会内分泌遗传代谢学组组长，中华医学会糖尿病学分会北京分会委员，原亚太儿科内分泌学会理事会理事，中国医师协会内分泌代谢学分会常委。中华儿科杂志编委,中华医药杂志常务编委，中华糖尿病杂志编委，中国糖尿病杂志编委，中国实用儿科杂志编委，中国小儿急救医学编委，免疫分析与临床杂志编委，柳叶刀糖尿病内分泌中文版编委。