根据《招标投标法》相关规定，虽然承包人应发包人要求提交履约保函是应该的，但是承包人可以在保函形式和内容方面与发包人进行协商，增加索赔难度，制约发包人恶意索赔。承包人可以选择有条件保函以保障自己的权益，且将条件明确约定在保函条款中。如果发包人坚持让承包人提供无条件保函形式，则可以要求发包人拿出合法依据或者要求发包人提供支付工程款担保。
承包人接收到保函索赔通知后，应冷静分析索赔原因，及时选择合法途径解决履约保函争议。首先，应与保函当事人进行沟通。与发包人沟通，力争消除双方误解，促使发包人撤回索赔文件或者放弃索赔权利。与担保人沟通，要求担保人严格审查索赔文件，合理谨慎地履行赔偿义务。其次，以发包人为被告提起诉讼，并申请诉前或诉讼财产保全措施，请求法院裁定通知担保人暂停保函项下赔付，待基础合同纠纷解决后，视生效判决或裁定结果决定终是否赔付，以避免给担保人或者承包人造成无法挽回的经济损失。但由于我国现有法律并没规定保函欺诈或不当索赔例外的规则，承包人只能依据民事诉讼法的相关规定提出上述请求，实践中法院是否作出上述裁定，有待其具体裁量。
履约保证金必须游离在工程造价之外，只作为中标方违约时招标方损失的补偿，招标人必须是具备招标能力的法人，其建设资金已经到位，不能把履约保证金作为工程造价的补充。因此，履约保证金具有独立性，必须由双方认可的机构负责收缴、储存、执行和返还。
预付保函又称还款保函及退款保函，在贸易合同中还可以成为定金保函。在大额交易中，买方或业主在合约签订后的一定时间内预先需向供货方支付一定比例的款项作为执行合同的启动资金，由于该款项是对供货方在履约之前所作的预付，买方为了避免日后由于供货方拒绝履行义务或者无法履行义务，却不退款而无端遭到损失，通常要求供货方在买方预付之前的若干日内通过其银行开出预付保函，有银行作出承诺，一旦申请人未能履约或者是无法全部履约(不管这种行为是有意的或者是无意造成的)，担保行将在收到买方提出的索赔后，向其返还这笔与预付金额等值的款项，或者相当于合约尚未履行部分相当比例的预付金额，使买方能够顺利的收回所预付的款项。