根据《招标投标法》相关规定，虽然承包人应发包人要求提交履约保函是应该的，但是承包人可以在保函形式和内容方面与发包人进行协商，增加索赔难度，制约发包人恶意索赔。承包人可以选择有条件保函以保障自己的权益，且将条件明确约定在保函条款中。如果发包人坚持让承包人提供无条件保函形式，则可以要求发包人拿出合法依据或者要求发包人提供支付工程款担保。
承包人在不得不提供履约保函的情况下，应该争取有利的保函条款。在实践中，有以下要点需要注意：
，保函的有限期应为闭口形式，具体可约定为竣工之日或监理工程师签发解除缺陷责任证书后的一个固定时间。
第二，索赔条款应约定发包人的书面索赔与担保人付款之间有一定的间隔时间，以使承包人有足够的时间与发包人谈判，将争端解决在担保人赔付之前。
第三，在征得发包人认可的基础上，履约保函的数额可随工程进度的完成而递减，担保人在保函该减额时应及时提醒承包人办理减额手续，一旦出现赔付，赔付的总金额不得超过担保额。
第四，其他约定。如可约定在监理工程师颁发工程移交证书后，发包人同意用维修保函来代替履约保函;发包人不得将保函转让给第三方等等。
承包人接收到保函索赔通知后，应冷静分析索赔原因，及时选择合法途径解决履约保函争议。首先，应与保函当事人进行沟通。与发包人沟通，力争消除双方误解，促使发包人撤回索赔文件或者放弃索赔权利。与担保人沟通，要求担保人严格审查索赔文件，合理谨慎地履行赔偿义务。其次，以发包人为被告提起诉讼，并申请诉前或诉讼财产保全措施，请求法院裁定通知担保人暂停保函项下赔付，待基础合同纠纷解决后，视生效判决或裁定结果决定终是否赔付，以避免给担保人或者承包人造成无法挽回的经济损失。但由于我国现有法律并没规定保函欺诈或不当索赔例外的规则，承包人只能依据民事诉讼法的相关规定提出上述请求，实践中法院是否作出上述裁定，有待其具体裁量。
履约保证金强调的是保证招标方的利益或投资者的利益，这种保证既可由中标的承建商承担，也可由第三方承担，但须招标方认可方为有效，由此产生第三方承担连带责任，因此具有替代性。当中标人违约时，中标人的赔偿责任由第三方承担。 为了平衡招标方和中标方的利益，《工程建设项目施工招标投标办法》第62条规定：“招标人要求中标人提交履约保证金或其他形式的履约担保的，招标人应当同时向中标人提供工程款支付担保。”