木托盘有可能存在病虫害。因此，从防止病虫害的传播，无论是出口还是进口的木质包装箱托盘，必须经过熏蒸处理，并且有木托盘供应商提供的熏蒸热处理证明，否则没有熏蒸证明无法报关出口。
木托盘经过了抛光，使板面的质量有了很大的改善，但木托盘的周边仍露出了芯材，这不仅影响美观，并且在使用过程中容易吸收空气中的水分，引起覆面材料脱胶、开裂、剥落等缺陷，大大缩短使用寿命，因此封边加工技术是木托盘生产中不可缺少的一个工序。
木托盘缺点：
木托盘不防火、不防水、易受潮、易生虫、易腐烂；一次性出口包装材料时，须进行熏蒸或热处理，增加额外费用，延长通关时间；制作木托盘需砍伐大量森林，与环保主题背道而驰；由于木材是天然材料，其质量受地域气候等多方面影响，即便是同一批原料，在干湿度、风裂等方面亦难以达到统一标准。
木托盘的材质主要是冷杉，松木，铁杉，杂木等等木材。不同材质的木托盘，其性能也是不同的，那么在价格上肯定也会有所差异，所以采购时候需要擦亮双眼。一般来说，木托盘都是将原材料选择好了之后，将木材的水分烘干，可以选择风干方式，也可以选择使用专业的设备进行干燥处理，因为只有控制好木材的水分后，木托盘才不易开裂。之后，在进行一些处理，将木材切割成需要的尺寸，然后进行抛光和断头，在将木材进行抽边和砂光等步骤，在此之后才能制成所需要的木托盘板材，再将其钉装，这就是木托盘了。