国内信用证体现的是单款对流的方式，银行承兑汇票体现的是货款对流的方式。在国内信用证项下的商品交易，卖方是凭单交货，买方是凭单付款。卖方向承运人提供货物后获得运输单据(凭单交货)，再将全套单据(包括代表物权的单据如货物提单、商业发票等)交给银行，由银行办理托收(或向银行办理议付)，买方向通知行付款赎单(凭单付款)。而银行承兑汇票项下的商品交易通常采用的是一手交钱，一手交货的方式即买方向卖方交付票据(通过背书方式)，卖方验票后交货。
虽然申请办理银行承兑汇票时，银行要求申请人提供双方交易合同，但不能保证申请人在获得银行承兑汇票后，真正用这张票去履行该笔合同。通常，银行在作出承兑后，不再去管汇票的流向和其实际的用途，只是到期负责支付汇票款项。
在实际操作上银行在开具银行承兑汇票的时候，对其他票据的审核流于形式或根本就无需提供，银行在开具相关金额的汇票时会从申请人的账户上先行扣除票面金额，如账户金额不足的话是不给予开具的，即银行只审核资金是否充足。
而申请国内信用证，在银行的审核上如同贷款的审核流程。更多审核的是合同内容与事实相符。
通过对银行承兑汇票和国内信用证的比较可以看出，银行承兑汇票和国内信用证两者都是支付结算工具，都有短期融资功能，又各有特点。银行承兑汇票从转让流通、终付款方面显得比较灵活，而国内信用证将买卖双方合同中的彼此约束和货款支付紧密联系在一起，可以有效避免双方收款不发货、收货不付款的现象，从而保证合同的履行。