商业保函的费用相对于银行办函要便宜很多，有的可能低于50%以上。这对于建筑企业来说，相对还是比较节约成本的。银行保函是由银行直接出具的，属于银行信用，而商业保函是由专业的担保机构或商业机构出具的，属于商业信用。
农民工工资保函的作用
1、引入农民工工资担保制度，避免农民工工资拖欠，保障农民工的合法收益。
2、农民工工资保函是办理施工许可证的必要步骤，一般在办理施工许可证办理前办理。
3、农民工工资保函能替代建设方、施工方缴纳农民工工资保证金，减轻企业现金压力，为企业减负！
加工贸易税款保付保函是指在申请人的来料加工、来件装配、来样生产及进料等加工业务项下，银行担保申请人在海关享受免税进口复出口待遇的担保。它是专门针对，需要向海关缴纳关税及其他税费保证金的加工贸易企业（包括来料加工企业和三资企业），而开办的一项手续便捷、费用低廉的特色业务。简而言之，就是以银行担保函来替代实存保证金。
企业填写开立保函申请书并签名盖章，同时提交所有所需的背景资料和相关格式文件。银行将对企业的资信情况、履约能力和项目可行性等进行审核，并在审批通过后决定是否开具保函。这一过程可能需要几天至几周的时间，具体取决于企业的具体情况。