预付款保函：是指担保人（保证人）根据申请人（合同中的施工方）的要求向受益人（合同中的发包方）开立的，保证一旦申请人未能履约，或者未能全部履约，将在收到受益人提出的索赔后向其返还该预付款的书面保证承诺。
支付保函：是应业主（买方）申请，向施工方（卖方）提供保证担保，在施工方（卖方）按合同正常提供货物、相关服务或完成约定工程量后，如业主(买方)不按约定支付合同款项，则担保方接到施工方（卖方）索赔通知后代为支付相应款项。
预付款保函与履约保函的区别：
履约保函是为了保证中标单位如约履行工程合同的内容
预付款保函是保证在甲方支付了预付款之后能收到合同约定的效果，也即在甲方支付了预付款之后如乙方没有履行合同，银行则将预付款保函的相应押金交还给甲方作为损失补偿。
也就是说这是两个不同的保函，都是要交的。因此从某一个角度也能体现施工单位的经济实力。
不过不用担心，作为预付款的保函既然是为了保证预付款的，就不像履约保函那样一定要到工程全部建设结束，合同内容履行完毕之后才退还给你。通常是约定保证预付款用在合同上就可以退还了。只是在工程建设前期冻结在银行，后面就解冻了。
一般在银行投标保函中会包含以下内容：招标企业名称、招标项目全称、被保证人全称、担保金额、担保内容、违约赔偿方式等。招标人以获取投标保函的原件为终确认。如投标人违反约定，则由银行直接向招标人赔付。