海关查货扣货有以下几点原因：
1、申报价值和估价不一致。
2、品名和产品不符。
3、装箱清单不详。
4、收货人条件不允许。(没进出口权等)。
5、私人物品超过5000人民币货值。
6、就是当地国家规定的一些相关政策。
清关不只有海关环节，进口清关份为：船舶到港后换单，商检报检，海关报关，港口堆场缴费，运输送货等环节，一般海关报关需要1-3天左右，整个流程下来快2天，一般3-5天左右能完成。
进口报关流程是指进口货物时需办理的流程，步骤包括签订进口代理合同→办理相关许可证→开信用证(电汇)→外商发货→审核进口单据→换单→三检及商检→报关预录→海关审价→缴纳税金→海关查验→放行货物→提货→动植物检验检疫→送货至仓库→结算单据留存→完成。
报关行用提单换来的提货单(1、3)联并附上报关单据前去报关。提货单(1、3)联海关放行后，在白联上加盖放行章，发还给进口方作为提货的凭证。还需携带其他单据，包括正本箱单、正本发票、合同、进口报关单一式两份、正本报关委托协议书、海关监管条条所涉及的各类证件。