工程保函是依据商务合同开出的，但又不依附于商务合同，是具有独立法律效力的法律文件。当受益人在保函项下合理索赔时，担保人就必须承担付款责任，而不论申请人是否同意付款，也不管合同履行的实际事实，即保函是独立的承诺并且基本上是单证化的交易业务。
投标保函办理流程
是企业自己向银行办理的，需要满足两个条件，一是企业在该银行有开户且有一定存款作为保证金，二是该银行有开通投标保函业务。由于大部分企业和银行网点并不具备这些条件，因此企业自己向银行办理投标保函的情况并不多见。
第二是通过担保公司办理，一般可以办理投标保函的担保公司会在银行有一笔大金额的保证金，其办理流程就会简便很多。正常来讲，投标企业向担保公司提交招标文件、企业营业执照、并签署银行要求的保函协议书即可。资料齐全，一般2-3个工作日即可出函。由于投标保函属于办理量较大的业务，所以担保公司在办理时也已经流程化，需要的资料等会清晰的告诉投标企业，因此流程上非常简单。
第三是通过工程保函通办理，一般12-48小时内即可出函，方便便捷，流程如下：
（1）选择“保函类型”（银行保函或电子投标保函），填写信息，上传相应的资料（2）支付订单（3）查看确认样本（4）出函
保函是银行、保险公司、担保公司或个人应申请人的请求，向第三方开立的一种书面信用担保凭证。在建筑工程领域，保函主要有投标保函、履约保函、预付款保函、付款保函。下面对保函业务相关知识及问题和建议进行探讨和分析。
一、办理工程保函存在的主要问题
1.在投标或签订合同时不被重视，也就是保函的可实施性不被重视。保函作为担保的一种，其主要功能是保障受益人在对方违约情况下的权益，承包方一旦违约，业主可以以开具的保函索赔，从承包方银行账户上把资金划走。
2.在投标或签订合同时没有考虑办理保函的成本和风险。目前业主要求提供的工程保函大部分是银行为担保人的银行保函，企业向银行提出申请办理银行保函需要交纳一定比例的保证金，这部分保证金只有在银行保函退还给银行以后才能使用，这无形当中影响了企业的现金流量，增加了支付风险，同时企业的机会成本增大；银行保函与银行商业信用相关联，一旦违约，将会损害到企业的银行信用，从而影响到其后续的融资、经营等经济活动，这样就会产生与损害建筑市场信用类似的后果。
3.在签订合同时没有规范保函的内容。工程双方应该在合同招投标阶段即约定好担保书的格式、内容等，特别是索赔程序和保函有效期约定。在招投标阶段即开始规范保函可以使投标人提前对保函能否响应进行自我评估，合同签订后，双方不得再对其做实质性的更改。坚决避免合同谈判时甚至合同签订后才讨论担保的事宜。
4.在签订合同时合同条款不对等。承包方在提供工程履约保函给业主时，业主也应该相应地提供给承包方付款保函，目前国内签订的工程合同大部分只约定了承包方需向业主提供履约保函，而没有约定业主需向承包方提供付款保函。
招标人为避免投标人在评标过程中改标、撤标，或中标后拒签合同而给自身造成损失，通常都要求投标人缴纳投标保证金，以制约对方行为。投标保函是现金保证金的一种良好的替代形式。
投标保函，是指在招投标中，招标人为保证投标人不得撤销投标文件、中标后不得无正当理由不与招标人订立合同等。要求投标人在递交投标文件时一并提交的由银行出具的书面担保。
概括讲，投标保函的主要目的就是为了为保证投标人权益。
投标人递交了投标保函，在投标中，就得按照规定履行招标文件里的义务：包括在标书规定的期限内，投标人投标后，不得中途撤标、不得修改原报价；投标人中标后，必须与招标人签订合同，并在规定的时间内提供银行的履约保函。
若是投标人未按照要求履行上述义务，则提供担保的银行在受益人提出索赔时，须按照保函规定履行赔偿义务。