工程保函是依据商务合同开出的，但又不依附于商务合同，是具有独立法律效力的法律文件。当受益人在保函项下合理索赔时，担保人就必须承担付款责任，而不论申请人是否同意付款，也不管合同履行的实际事实，即保函是独立的承诺并且基本上是单证化的交易业务。
工程保函取代保证金的意义
提高企业竞争力。当专业的保险公司或银行愿意为投标 企业提供保函，也就意味他们认可该企业具备履约的能力与信誉。因此，能否获得保函已经成为业主考核投标企业承包资格的重要标准。拥有高额度的保函也能让投标的承包工程企业更具竞争力。
分担履约责任，提高履约能力。对于业主而言，花钱购买的是工程产品，而不是耗费时间与精力后得到赔款。所以，业主更看重的是担保人是否能够协助承包工程企业按合同规定的质量、工期、造价等各项条件履约，而不仅仅是对损失进行赔付。 针对项目的履约问题，如果承包商拥有保险公司开具的保函，那么保险公司也会在必要时，为承包商分担履约责任， 这也就意味着承包商的履约能力将大大提高。因此，选择专业的保险公司出具保函，不仅能保证工程项目的顺利推进， 还能程度地保护承包商和业主双方的利益。非见索即付，避免恶意索赔。保函索赔一直是保函业务 中的痛点之一。目前施工企业大多只对银行的“见索即付” 保函比较熟悉。顾名思义，” 见索即付”是指对保函限额内的任何要求都必须赔付，除非发生显然的欺诈情形，担保人不能拒绝，这也就意味着在遭到恶意索赔时，该保函将无法保障承包商的权利
工程保函的优点：
对投标人、承包方或供货方：
1、减少缴纳现金保证金引起的长时间资金占用，获得资金收益；
2、与缴纳现金保证金相比，可是有限的资金得到优化配置；
3、有利于维护正当权益；
对招标人、业主或买方：
1、良好的维护自身利益
2、避免收取、退回保证金程序的繁琐，提高工作效率；
对办理保函的建议
1.加强对各类保函的研究与控制。特别是各基层经营单位及施工项目负责人，要像对待工程合同一样认真研究各类保函内容，加强工程履约管理和风险控制，达到防止履约风险的目的，避免因违约业主索赔带来的经济损失。根据规定，保函到期前必须从业主处将原件索回交给出具银行才能解除约定，否则将直接影响企业在银行的信用评级。
2.积极扩展保函出具渠道。在招投标阶段，尽量和业主协商使用专业担保公司出具的保函，尽量减少银行保函的使用量，相应减少履约风险。同时应尽力争取业主给施工方办理工程款支付保函，增加经营回旋余地。
3.尽量用闭口保函，慎用开口保函。闭口保函是指有明确有效截止日期的保函；开口保函的到期日期不确定，例如履约担保的有效期应当截止到本工程竣工验收合格之日，所以开口保函更增加了施工方的履约风险。